Ke vzniku tohoto kostela se váže jedna z nejpůvabnějších místních pověstí, podle které v sousedství býval rudní trh a od nepaměti zde rudokupci vykupovali od těžařů stříbrnou rudu. Kousky rudy spadlé na zem byly nametány, schraňovány a z takto získaného stříbra zaplacena stavba kostela. Vedle kostela sv. Jakuba náleží k nejstarším kamenným svatyním (postaven byl ve 2. polovině 14. století) byť některé prvky mohou ukazovat i k době starší. Mnoho znaků z období vrcholné gotiky setřel požár v roce 1470. Po něm byla vystavěna nová věž a zaklenuta kostelní loď. Při opravách byl vybaven i interiér, především pozdně gotickým sanktuáriem Matyáše Rejska z r.1504 a mimořádně hodnotnou kazatelnou. V Rejtově stavební huti ji po roce 1513 vytvořil Wendel Rosskopf a vdechl ji virtuózní technické zpracování i dramatickou dekorativnost. Pod baldachýny se nachází již poněkud méně hýřivé sochy církevních otců od jinak neznámého mistra Augustina. Roku 1735 nalezl v kostele P. Marie Na Náměti poslední odpočinek významný malíř Petr Brandl, který poslední rok života trávil v Kutné Hoře.