Der Bau der Allerheiligen-Kirche begann in 14. Jahrhundert. Im Jahre 1421 wurde sie von hussitischen Horden geplündert und im selben Jahr am Markusfest wurden die dort lebenden Mönche niedergemetzelt.
Erst in der Hälfte des 17. Jahrhunderts wurde die Renovierung des Klosters Bauten in Sedlec wieder aufgenommen. Dort wurden dann auch im unteren Raum die Überreste tausender Verstorbener zusammengetragen und zu vier großen Pyramiden errichtet.
Die heutige Ausschmückung des Raumes wurde vom Schnitzer Franz Rint im Jahre 1870 kreiert. Auf dem Klosterfriedhof wurden bis zu 30.000 Menschen begraben, die damalige Pestepidemie im Jahre 1318 dahinraffte. Immerhin betrug das Ausmaß des Friedhofes zu dieser Zeit cca 3,5 Hektaren.
Der Bau ist in zwei Stockwerke unterteilt. So wird die Auffassung von der Welt der Menschen dargestellt. Unten, der durch einen Abstieg zugängliche hohe Raum soll sozusagen die niedrige, infernale Unterwelt wiedergeben. Der Gegensatz dazu soll der obere Raum sein, den man durch Seitentreppen erreichen kann. Der Bau hat mehrere verschieden große Fenster .Er ist sehr hell und soll so das Licht Christi darstellen.