Původně raně gotický kostel založili na počátku 13. století němečtí kupci. Ve 14. století byl tento kostel rozšířen na trojlodní chrám s průčelní věží. Až do dostavby Týnského chrámu plnil kostel funkci farního kostela Starého Města. V roce 1635 získal kostel řád Benediktinů, kteří si zde postavili klášter, v roce 1732 byl však kostel zbořen. Dnešní barokní kopulová stavba vznikla v letech 1732-1735 podle projektu K. I. Dienzenhofera. Od roku 1865 sloužil kostel jako koncertní síň a v následujících letech byl opraven. V roce 1871 byl dán do užívání ruské pravoslavné církvi, od roku 1920 slouží církvi československé husitské.